與院內其他傳統醫療科部比較，醫學工程部在台大醫院屬較年輕的單位，僅成立約1/3個世紀。王正一醫務秘書於1985年建議院方順應時代潮流進行組織再造，催生本院成立醫學工程室。有鑑於醫療儀器需要結合生物醫學、工程科技與管理科學相關專業於一體，以進行管理與維護，在醫學工程尚不為國人所熟悉的年代，本院以前膽性的規劃來籌備成立醫學工程室。

      1986年9月1日成立先期規劃小組，由洪伯廷副院長主持，1987年8月正式成立醫學工程室(以下簡稱醫工室)，王正一副院長兼任主任，當時編制4個人，辦公室位於西址三東病房近中央走廊邊。台大醫院醫療儀器管理與維修逐步進入軌道，隨醫院成長，醫工室提供的服務項目從故障修復、儀器保養，進而至醫療儀器安全、蒐集國際醫療儀器警訊、新購儀器電性安全等工作。為提升國內醫學工程學術發表能力，1988年，醫工室與醫學院研究中心聯合出版醫學工程雜誌(Biomedical Engineering,ABC)，早期內容以臨床工程為主，中英文併列，每2個月出版一期，目前是全英文刊載論文，內容涵蓋醫學工程所有領域。為強化醫學工程的研究能量，醫學院於1990年1月成立醫學工程研究中心(以下簡稱醫工中心)，行政院指示編制員額共26人，其中教授、副教授4名，研究員、副研究員共14名，技術人員共8名。醫工中心與醫工室相互支援，同時辦公室於1991年遷至醫學院聯教館。為健全醫工室組織與功能，1991年經教育部准予通過分三組辦事，編制擴增至23人。1990年至1996年舉辦了四屆國際醫學工程研討會，促進國內醫學工程專業與國際接軌。隨著臨床業務蓬勃發展，以及醫工中心於1998年8月改制為醫學院暨工學院醫學工程學研究所，醫工室於1998年3月與醫工中心分制，成為台大醫院獨立的行政部門，同時辦公室遷至東址B4現址。除了相關技術服務以外，為強化醫學工程的教學及研究能量，本院於2001年8月在王正一主任的主導下將醫學工程室改制為醫學工程部(以下簡稱醫工部)，歸屬改為醫療支援單位，2002年8月增聘孫瑞昇副教授為副主任，並於2003年6月，增設第四組專責教學研究。

      醫工室成立時的理想，就是逐步成為全功能型的醫工單位，尤其希望進用工程背景的專業人材協助醫師從事醫學研究工作，提供醫院相關科技的諮詢。隨著本院成長，醫工部提供的服務項目，從成立時故障修復、儀器保養、電性安全驗收、儀器報廢鑑定，再逐步擴展至採購評估、預算審查、醫療儀器異常事件處理、醫療儀器管理、教學研究等，在各方面均有長足進步，對本院及國內醫學工程領域的發展有重要貢獻。