1902年耳鼻喉科正式由外科分出而獨立,岸一太奉命為首任的耳鼻咽喉科部長,1903年11月,高木友枝創立“台灣醫學會”,而第一回醫學會之宿題報告,“腦膜炎”,耳鼻喉科部份即由時任醫學校助教授的岸一太擔任。1905年2月,“赤十字病院”竣工,乃為醫學校的教學醫院。1906年,岸一太退休。1907年柏原省私來台,接續岸一太的職位,其後陸續接掌者計有:細谷雄太,杉山榮,加納芳次,上村親一郎,及山下憲治。1918年,“台灣總督府醫學校”併設“總督府醫學校專門部”,1922年改稱為”台灣總督府台北醫學專門學校”,1936年再改為“台北帝國大學附屬醫學專門部”,以“赤十字病院”(即今日的台北市立中興醫院)為教學醫院,光復後停止招生。
另一方面,台北帝國大學至1936年4月,方才成立“醫學部”。1938年4月,台北帝大醫學部耳鼻咽喉科教室正式成立,首任科主任為由醫專部赤十字病院轉任而來的上村親一郎擔任。
上村親一郎(1890-1950),1916年畢業於日本九州帝國大學醫學部,於1923年10月受聘為台北醫學專門學校教授,以後14年6個月期間,上村親一郎在醫專部赤十字病院,春風化雨,受教的台灣耳鼻喉科前輩不少。1928年,上村親一郎以“喉頭運動特別有關聲帶運動像實驗的研究”,獲九州帝國大學醫學博士。1938年轉任台北帝大醫學部耳鼻喉科主任,創立“上村教室”。當時醫局的陣容有:講師大西克保,助手久保村雅夫,醫局長張俊發,蘇家駒,醫局員田中伴之助,伊藤正一,胡水旺,張溫流,丸山一郎,片回哲郎,平山健治,阿部敏德,侯炎,洪耀南,林松卿,及張明輝等17人,專攻白喉及結核的研究。醫專部方面,則由山下憲治助教授主持赤十字病院耳鼻喉科,構成另一“山下教室”,鑽研側頭骨的含氣化及耳黴菌症。