檢體核酸萃取
針對各類型核酸來源，提供手工萃取及自動化核酸萃取儀服務。本部主要採用兩類型自動化萃取系統QIAcube(使用Qiagen各類型核酸萃取試劑套組)及MagCore磁珠萃取系統。
QIAcube
MagCore
樣本及基因庫品管檢測
一、核酸樣本需先通過品管檢測方可進入基因庫(Library)製作流程，本核心採用較為準確及靈敏的核酸螢光定量方法，核酸螢光定量儀 (Qubit) 測量樣本的濃度，並使用自動化且單次可分析1-96個樣本之核酸毛細管電泳分析儀 (Qsep) 分析樣本片段化的狀態，其中RNA部分，軟體會換算18S、28S及小片段的比例及其他參數取得RIN 或 RQN作為判斷RNA品質的依據。
| 種類 | 總量 | 濃度 | Buffer | A260/A280 |
|---|---|---|---|---|
| DNA | >2 ug | > 10 ng/uL | Nuclease free water | > 1.8(1.8-2.0) |
| RNA | > 2 ug | > 100 ng/uL | Nuclease free water | > 1.8(1.8-2.2) |
*其他類型檢測服務有不同的檢體送樣標準，詳情請參閱服務送檢單或來電洽詢
二、基因庫製作完成後再利用Qsep檢測基因庫的大小，並利用 KAPA Library Quantification kit 以 Real-Time PCR 的方式測量其濃度。
Qubit
Qsep
三、自動化核酸毛細管電泳分析儀 (Qsep) 尚有其他應用歡迎洽詢。
基因庫製備
一、聚焦式超音波粉碎儀Covaris M220，可將核酸粉碎成150 bp～5 kb的短片段，部分基因庫製作需使用此儀器將DNA片段化成試劑要求的大小，如基因庫製備過程中需使用covaris做片段化則需另外計費。此儀器搭配原廠試劑亦可使用於FFPE檢體之核酸萃取，計費方式請參考下列收費標準。
二、本核心可提供基因庫製備服務如下表，基因庫製試劑備套組選擇及價格詢問請來電洽詢。
| 定序基因庫項目 | DNA | RNA |
|---|---|---|
| gDNA | mRNA | |
| Targeted DNA panel | TotalRNA (with ribosomal RNA removal) | |
| Small RNA | ||
| Low-/ultra-low input RNA | ||
| Targeted RNA panel |
高通量定序
1. Illumina Miniseq 系統
Miniseq 屬於小型快速的定序機種，定序資料可以在16-24小時內完成，符合少量樣本及Target Sequencing 的使用者，在研究等待時間掌控上更具彈性。如需讀取較長序列或較高輸出量之定序服務，本實驗室與台大醫學院第一共同研究室合作，可提供 illumina Miseq 及 Nextseq 機種上機。
2. Oxford Nanopore系統
此系統為第三代長片段核酸定序儀提供長片段定序服務，適合應用於de novo genome assembly及structure variant analysis，亦可定序重複性較高的核酸序列。
高通量定序資料與生物資訊分析
依據不同的實驗設計與資料型態，提供序列資料處理、統計分析、資料整合、與生物資訊分析服務，並將數據表格化與圖示化，協助使用者資料解讀，闡釋定序結果在生物學上的意義。
預約分析: https://goo.gl/forms/x9cI0vSj3BNUvu4q2
其他定量相關儀器
本核心備有QX200 droplet digital PCR系統，此系統建立在油包水之微滴生成技術上，可提供基因表達絕對量化及罕見突變等檢測，請參考收費標準，歡迎洽詢及預約使用
服務地點
第二共同研究室 （臺北市中正區中山南路7號臨床研究大樓2樓）
檢體萃取及次世代定序服務
- 吳侑靜博士 (02)2312-3456 分機 66680
- 劉怡里小姐 (02)2312-3456 分機 65781
- 郭俊宏先生 (02)2312-3456 分機 63271
- 陳家怡小姐 (02)2312-3456 分機 63270
生物資訊分析服務
許家郎博士 (02)2312-3456 分機 65989