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次世代基因定序與生物資訊分析服務首頁 > 服務項目

服務項目  收費標準

檢體核酸萃取  |  樣本及基因庫品管檢測  |  基因庫製備  | 

定序  |  高通量定序資料與生物資訊分析  |  其他定量相關儀器  |

 

 

¿ 檢體核酸萃取 

針對各類型核酸來源,提供手工萃取及自動化核酸萃取儀服務。本部主要採用兩類型自動化萃取系統QIAcube(使用Qiagen各類型核酸萃取試劑套組)MagCore磁珠萃取系統。

QIAcube

MagCore

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¿ 樣本及基因庫品管檢測    
​一、核酸樣本需先通過品管檢測方可進入基因庫(Library)製作流程,本核心採用較為準確及靈敏的核酸螢光定量方法,核酸螢光定量儀 (Qubit) 測量樣本的濃度,並使用自動化且單次可分析1-96個樣本之核酸毛細管電泳分析儀 (Qsep) 分析樣本片段化的狀態,其中RNA部分,軟體會換算18S28S及小片段的比例及其他參數取得RIN RQN作為判斷RNA品質的依據。 
  • NGS樣本品管檢測送件標準 (依試劑要求會有不同的標準)
種類 ​總量 ​濃度 Buffer​ ​A260/A280
​DNA ​>2 ug > 10 ng/uL​ Nuclease free water​ > 1.8​​(1.8-2.0)
​RNA ​> 2 ug ​> 100 ng/uL ​Nuclease free water > 1.8​(1.8-2.2)
 *其他類型檢測服務有不同的檢體送樣標準,詳情請參閱服務送檢單 
  

二、基因庫製作完成後再利用Qsep檢測基因庫的大小,並利用 KAPA Library Quantification kit Real-Time PCR 的方式測量其濃度。

 

Qubit

 

Qsep

 三、自動化核酸毛細管電泳分析儀 (Qsep) 尚有其他應用歡迎洽詢。

 

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¿ 基因庫製備  

一、聚焦式超音波粉碎儀Covaris M220,可將核酸粉碎成150 bp5 kb的短片段,部分基因庫製作需使用此儀器將DNA片段化成試劑要求的大小,如基因庫製備過程中需使用covaris做片段化則需另外計費

                       covaris.png

二、本核心提供之基因庫製備服務內容包含基因庫建置後之qPCR定量,下表為目前核心提供之基因庫試劑套組 (需使用整組試劑樣本數或等待湊件),如需製備表格外其他基因庫套組可直接與我們討論。 

項目 Gene number 樣本數 /試組 樣本數/晶片(Miniseq)
TruSight Tumor 15                     15                24 2 (MO) / 8 (HO)
TruSeq Amplicon - Cancer Panel                     48                9612 (MO) / 24 (HO)
TruSight One Sequencing Panel                     4813                36  3 (HO)
TruSeq Targeted RNA Panel Kit                 12-1000                48     216 (HO)
TruSight RNA Pan-Cancer Panel                   1385                48 12-1,000
TruSeq Stranded mRNA                    ---                48 ---
TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero™​                   ---               48---

              

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¿ 高通量定序  

本核心實驗室主要採用 illumina Miniseq 系統提供高通量定序服務。

Miniseq 屬於小型快速的定序機種,定序資料可以在16-24小時內完成,符合少量樣本及Target Sequencing 的使用者,在研究等待時間掌控上更具彈性。如需讀取較長序列或較高輸出量之定序服務,本實驗室與台大醫學院第一共同研究室合作,可提供 illumina Miseq Nextseq 機種上機。

 

 

 

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​​¿高通量定序資料與生物資訊分析 

依據不同的實驗設計與資料型態,提供序列資料處理、統計分析、資料整合、與生物資訊分析服務,並將數據表格化與圖示化,協助使用者資料解讀,闡釋定序結果在生物學上的意義。 

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¿其他定量相關儀器 

QX200 droplet digital PCR系統​本核心備有QX200 droplet digital PCR系統,此系統建立在油包水之微滴生成技術上,可提供基因表達絕對量化及罕見突變等檢測,請參考收費標準,歡迎洽詢及預約使用。

 

 

 

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服務地點

第二共同研究室 (臺北市中正區中山南路7號臨床研究大樓2樓

檢體萃取及次世代定序服務

  • 吳侑靜博士 (02)2312-3456 分機 66680 
  • 劉怡里小姐 (02)2312-3456 分機 65781
  • 郭俊宏先生 (02)2312-3456 分機 63271
  • 陳家怡小姐 (02)2312-3456 分機 63270

生物資訊分析服務

  • 許家郎博士 (02)2312-3456 分機 65989
  收費標準暨代碼對照表