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¿ 檢體核酸萃取 |
針對各類型核酸來源，提供手工萃取及自動化核酸萃取儀服務。本部主要採用兩類型自動化萃取系統QIAcube(使用Qiagen各類型核酸萃取試劑套組)及MagCore磁珠萃取系統。
QIAcube |
MagCore |
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¿ 樣本及基因庫品管檢測 |
一、核酸樣本需先通過品管檢測方可進入基因庫(Library)製作流程，本核心採用較為準確及靈敏的核酸螢光定量方法，核酸螢光定量儀 (Qubit) 測量樣本的濃度，並使用自動化且單次可分析1-96個樣本之核酸毛細管電泳分析儀 (Qsep) 分析樣本片段化的狀態，其中RNA部分，軟體會換算18S、28S及小片段的比例及其他參數取得RIN 或 RQN作為判斷RNA品質的依據。
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DNA |
>2 ug |
> 10 ng/uL |
Nuclease free water |
> 1.8(1.8-2.0) |
|---|
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RNA |
> 2 ug |
> 100 ng/uL |
Nuclease free water |
> 1.8(1.8-2.2) |
|---|
*其他類型檢測服務有不同的檢體送樣標準，詳情請參閱服務送檢單
二、基因庫製作完成後再利用Qsep檢測基因庫的大小，並利用 KAPA Library Quantification
kit 以 Real-Time
PCR 的方式測量其濃度。
Qubit |
Qsep |
三、自動化核酸毛細管電泳分析儀 (Qsep) 尚有其他應用歡迎洽詢。
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¿ 基因庫製備 |
一、聚焦式超音波粉碎儀Covaris M220，可將核酸粉碎成150 bp～5 kb的短片段，部分基因庫製作需使用此儀器將DNA片段化成試劑要求的大小，如基因庫製備過程中需使用covaris做片段化則需另外計費。  二、本核心提供之基因庫製備服務內容包含基因庫建置後之qPCR定量，下表為目前核心提供之基因庫試劑套組
(需使用整組試劑樣本數或等待湊件)，如需製備表格外其他基因庫套組可直接與我們討論。
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TruSight Tumor 15 |
15 |
24 | 2
(MO) / 8 (HO) | |
TruSeq Amplicon - Cancer
Panel |
48 |
96 | 12
(MO) / 24 (HO) | |
TruSight One Sequencing Panel |
4813 |
36 |
3
(HO) | |
TruSeq Targeted RNA Panel
Kit |
12-1000 |
48 |
216
(HO) | |
TruSight RNA Pan-Cancer
Panel |
1385 |
48 |
12-1,000 | |
TruSeq Stranded mRNA |
--- |
48 |
--- | | TruSeq Stranded Total RNA
with Ribo-Zero™ | --- | 48 | --- |
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¿ 高通量定序 |
 本核心實驗室主要採用 illumina Miniseq 系統提供高通量定序服務。 Miniseq 屬於小型快速的定序機種，定序資料可以在16-24小時內完成，符合少量樣本及Target
Sequencing 的使用者，在研究等待時間掌控上更具彈性。如需讀取較長序列或較高輸出量之定序服務，本實驗室與台大醫學院第一共同研究室合作，可提供 illumina
Miseq 及
Nextseq 機種上機。
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¿高通量定序資料與生物資訊分析 |
依據不同的實驗設計與資料型態，提供序列資料處理、統計分析、資料整合、與生物資訊分析服務，並將數據表格化與圖示化，協助使用者資料解讀，闡釋定序結果在生物學上的意義。
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¿其他定量相關儀器 |
 本核心備有QX200 droplet digital PCR系統，此系統建立在油包水之微滴生成技術上，可提供基因表達絕對量化及罕見突變等檢測，請參考收費標準，歡迎洽詢及預約使用。
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