主計室編制主任1名，依業務職掌分為四組
第一組
- 年度概、預算籌編相關事宜。
- 經常性支出預算控管、審核及帳務處理相關事宜。
- 院內醫療研究計畫預算控管、審核及帳務處理相關事宜。
第二組
- 固定資產預算控管、審核及帳務處理相關事宜。
- 藥品、醫材、物品及印刷品等憑證審核及帳務處理相關事宜。
- 預算委員會會務及本室綜合業務。
第三組
- 採購案招標文件會核及監辦。
- 各項財物抽查。
- 院外研究經費、捐款等憑證審核及帳務處理。
- 內部控制專案小組會務。
- 現金醫療收入帳務處理。
第四組
- 會計月報及年度決算之編製。
- 應收健保醫療帳款、試藥等憑證審核及帳務處理。
- 財務、自費醫令成本分析相關事項。
- 會計憑證管理。