本部由院長、副院長督導，主辦醫療研究發展委員會、臺大醫療體系醫療整合資料庫管理委員會、臨床試驗管理委員會以及共同研究是管理小組委員會會務。本部依業務功能區分為實驗研究組、規劃訓練組以及臨床研究組三組。