本中心由院長、副院長督導，並與醫學研究部、企劃管理室相互配合，並依功能區分為七個功能性團隊，包括：
1. 臨床試驗中心
2. 臨床試驗專業人員培訓團隊
3. 轉譯臨床試驗團隊
4. 比較性效果試驗團隊
5. 心血管臨床試驗團隊
6. 感染症臨床試驗團隊
7. 幽門螺旋桿菌臨床試驗團隊