院長
   ↓
 副院長 
   ↓
 主計室
 共四組

 各組業務概述如下：
 第一組
 1.年度概、預算籌編相關事宜
 2.經常性支出預算控管、審核及帳務處理相關事宜
 3.院內醫療研究計畫之預算控管、審核及帳務處理相關事宜
 4.監標及監驗
 第二組
 1.固定資產、無形資產預算控管、憑證審核及帳務處理相關事宜
 2.預算委員會會務
 3.藥品、醫材、物品、印刷品等憑證審核及帳務處理相關事宜
 4.本室綜合業務
 5.監標及監驗
 第三組
 1.採購案招標文件會核
 2.各項財物抽查
 3.院外研究經費、捐款等憑證審核及帳務處理
 4.內部控制專案小組會務
 5.現金醫療收入帳務處理
 6.監標及監驗
 第四組
 1.會計月報及年度決算之編製
 2.應收健保醫療帳款、試藥等憑證審核及帳務處理
 3.財務、自費醫令成本分析相關事項
 4.會計憑證管理
 5.監標及監驗