為持續提升全國性新生兒篩檢工作品質，目前有三家篩檢中心提供各採集機構送新生兒篩檢血片之初檢、複檢及個案追蹤等服務。

本中心自101年起負責的區域涵蓋如下:

台大醫院、新北市

新竹市、新竹縣

雲林縣、高雄市

花蓮縣、台東縣、金門縣