次世代定序－全外顯子定序檢測
Next Generation Sequencing – Whole exome sequencing
- 致病基因
此檢驗所檢測的基因範圍為目前檢驗試劑套組可以偵測之全外顯子區域，故會根據受檢者之送檢醫師提供的臨床表徵去篩選並判讀與臨床症狀相關的基因範圍。其他與臨床症狀無關的基因變異則不會在此檢驗的分析範圍之內。
而目前本實驗室所針對的檢測病類包含：OI/EDS、Metabolic diseases、Neuromuscular、Cardiovascular、Hypokalemia/Renal 、Short statue、Actional gene panel、Liver diseases、Hereditary cancer、Neurodegeneration、Inflammatory bowel disease、及其他，在選擇此檢驗的同時也要請醫師勾選所懷疑的病類，以便檢驗結果的判讀。
- 檢驗方法
- 以次世代定序法(next generation sequencing, NGS)作基因分析，針對受檢者之目標區域分析其基因密碼區以及exon-intron 交界區是否有致病性變異。
- 檢測出之致病變異位點若符合檢驗品質標準，則不會進行傳統DNA定序方法(Sanger sequencing)驗證。
- 檢體需求：見次世代基因檢驗項目頁面
- 報告時程：見次世代基因檢驗項目頁面
- 檢驗侷限性
- 由於影響身體狀況的原因有許多，因此在判讀時，可能發現明確致病的變異、未知臨床意義的變異，也可能未發現與疾病相關的變異。本檢驗結果僅依據當次提供之臨床臆斷、使用之生物資訊分析軟體與各資料庫版本進行分析與判讀。
- 上述檢驗使用次世代定序(NGS)方式分析此檢體基因之密碼區及exon-intron交界區(的DNA序列是否發生突變，僅能檢測出基因內單一核苷酸(single nucleotide)或是小片段的缺失或插入(small indel)，仍有可能部分基因序列因序列捕捉與定序深度不足而產生變異位點偵測疏漏。
- 若突變為大片段插入(insertion)、倒轉(inversion，例如血友病)、基因融合(例如費城染色體)或其他複雜性結構變異 (complex structural variation，例如脊髓性肌肉萎縮症)、組織特異性的鑲嵌(tissue-specific mosaicism)和未偵測區域(例如promoter, intron等)，可能無法藉由此方式檢驗出。而Facioscapulohumeral muscular dystrophy的D4Z4 repeats變化、短縱列重複(short tandem repeat)序列(例如: Myotonic Dystrophy Type 1的DMPK repeat、PHOX2B異常擴增、X染色體脆折症)、甲型地中海型貧血，無法以此方式檢測出。
- 上述檢驗使用次世代方法定序粒線體DNA基因序列，依據文獻將變異點位判讀之cut-off值定為5%異質性(heteroplasmy)。粒線體DNA基因變異有組織的特異性，粒線體DNA基因致病變異的異質性(heteroplasmy)在不同組織間會有差異。對於所有粒線體DNA基因變異所造成的臨床症狀表現的差異，可能取決於下列三項因素: (1)異質性，即致病變異及正常粒線體DNA存在量的比例，(2)變異的粒線體DNA於組織的分布情形，(3)限界效應(Threshold effect)即每種組織對於氧化壓力代謝影響的易受性。由於患者情況各異，此檢驗結果須由臨床醫師判讀檢驗結果與臨床症狀的相關性。
- 報告呈現之分析結果係依據當次提供之臨床臆斷、使用當次之生物資訊分析軟體與各資料庫版本，非臨床臆斷相關之變異點位(含帶因狀態)則不列出。若出現新的臨床症狀時，可請臨床醫師安排進行重新分析。
- 如檢體採集未符合送檢流程或特殊狀況檢體未先行告知實驗室，可能導致檢驗結果偽陽性和偽陰性，例如產前個案(細胞培養之干擾或母體細胞汙染)、輸血個案等皆可能受到影響。
- 本檢驗結果僅供醫療專業人員作為臨床參考之用，並需配合其他相關臨床資料進行最佳綜合判斷。