臺大醫院設立至今已有百年以上歷史，無論在服務、教學、研究等各方面都有相當厚實的基礎與成就。為達成為台灣醫界典範之願景，臺大醫院更積極配合國家衛生發展政策，善盡社會責任，將更高品質的醫療服務提供給更多民眾，因此自民國93年起，先後承接衛生署雲林醫院、國立臺北護理學院附設醫院、財團法人北海岸金山醫院、衛生署新竹醫院及衛生署竹東醫院，成為臺大醫院雲林分院、北護分院、金山分院、新竹分院及竹東分院五個分院，另於108年12月16日臺大醫院自行規劃興建第一家醫院－生醫分院正式開幕營運。由於新竹地區三間分院地緣相近，為能將醫療資源更有效整合及充分發揮共享，110年1月1日正式將新竹三間分院整併為新竹台大分院，且同年6月1日將原癌醫中心醫院改制為癌醫中心分院，臺大醫療體系團隊儼然更加完備。

　　隨著分院陸續的成立，臺大醫療體系儼然成形，目前體系已擁有超過5,000張病床及12,000名專任員工。因應醫療體系日益擴展，為充分整合體系內各醫院之醫療資源，並發展各醫院特色，以產生最大綜效，臺大醫院於100年7月29日通過體系管理中心設置要點，成立臺大醫療體系管理中心，101年8月23日臺大醫院組織規程修正案依教育部核定，臺大醫療體系管理中心成為臺大醫院正式單位。