臺大醫療體系管理發展中心為本院一級單位，置主任一名，秉承院長之命，綜理本中心業務；置副主任和執行長各一名，秉承院長及本中心主任之命，襄助處理本中心業務；且置一名組長、一名秘書、一名高級管理師、兩位中級管理師、一名管理師，辦理臺大醫院總院、雲林分院、北護分院、金山分院、新竹臺大分院及癌醫中心分院等相關事務，並定期召開臺大醫療體系管理發展會議，討論總院及分院相關事宜。