臺大醫療體系管理發展中心於101年8月23日成為院內正式單位，主要協助處理總院及分院之人力調派、推動體系整合性業務、規劃體系營運發展及承辦臺大醫療體系發展會議會務。

1. 營運管理組：業務以橫向跨院際教學、研究、服務之制度規劃為主要工作方向，研擬建立適宜之體系共通制度，以利本體系運作更臻完善。
2. 體系發展組：協助總院至分院垂直聯繫溝通及業務之推展。