臺大醫院兒童醫院隸屬於臺大醫院，兒童醫院整體運作及營運策略由現有服務於兒童醫療大樓之各單位、人員及各委員會協助規劃、指導、監督、審核，以培育頂尖之兒童醫療研究與專業人才，提升我國兒童醫療品質及國際競爭力。未來則視教學、研究及診療等之業務需要，另增設各委員會及功能性單位。

　　臺大醫院兒童醫院成立後，囿於總員額法相關規定，所需人員由總院現有人員進行調配，不另增員額。加上目前政府財務困難、資源有限，短期內國家亦無法對兒童醫院提供補助，相關行政部門及醫療資源單位，將與臺大醫院院共用，以避免人力物力分散造成醫療品質降低。

　　臺大醫院兒童醫院設有院長1名，督導兒童醫院之運作，醫療科設有科主任，負責各科的醫療業務，另設有醫療支援、行政單位及研究單位共同負責兒童醫院之業務，為一功能性組織，兒童醫院組織如下：