腦死判定應在具有下列設施之醫院為之：​
一、設有加護病房。
二、具診斷結構性腦病變儀器設備。
三、具人工呼吸器及測定血液氣體等腦死判定所需之設備。

腦死判定應符合下列各款之先決條件：
一、病人陷入深度昏迷，昏迷指數應為五或小於五，且必須依賴人工呼吸器維持呼吸。
二、病人昏迷原因已經確定。
三、病人係遭受無法復原之腦部結構損壞。

腦死判定，應排除可逆性之昏迷：
一、因新陳代謝障礙、藥物中毒或低體溫所導致之昏迷。
二、罹病原因不明之昏迷。
前項第一款所稱低體溫，係指體溫低於攝氏三十五度。

進行判定性腦幹功能測試之前，應經觀察，其觀察期間如下：
一、罹病原因為情況明顯之原發性腦部損壞，應觀察十二小時。
二、罹病原因為腦部受損且有藥物中毒之可能性者，須逾藥物之半衰期後，再觀察十二小時。
三、藥物種類不明者，至少須觀察七十二小時。
病人在使用人工呼吸器之狀況下，於前項觀察期間內，應呈現並持續深度昏迷，至觀察期間末了，病人昏迷指數應為三，且無自發性運動、去皮質或去大腦之異常身體姿勢及癲癇性抽搐，始得進行判定性腦幹功能測試。

第一次判定性腦幹功能測試，包括腦幹反射測試及無自行呼吸測試，並應依下列次序進行：
一、腦幹反射之測試，必須完全符合下列條件，若因病人頭部外傷致臉部重創等特殊情況，致無法依序執行部分腦幹反射測試時，應敘明理由並進行其他測試，或必要時佐以儀器輔助檢查，以利正確判定：
(一) 頭－眼反射消失。
(二) 瞳孔對光反射消失。
(三) 眼角膜反射消失。
(四) 前庭－動眼反射消失。
(五) 對身體任何部位之疼痛刺激，在顱神經分布區範圍內，不能引起運動反應。
(六) 以導管在氣管抽痰時，不能引起作嘔咳嗽反射。

二、確認腦幹反射消失後，以下列步驟進行無自行呼吸之測試：
(一) 由人工呼吸器供應百分之百氧氣十分鐘，再給予百分之九十五氧氣加百分之五的二氧化碳五分鐘使動脈血中二氧化碳分壓達到四十毫米汞柱以上。
(二) 取除人工呼吸器並由氣管內管供應百分之百氧氣每分鐘供應六公升。
(三) 觀察十分鐘，血液中二氧化碳分壓須達六十毫米汞柱以上，並檢視是否能自行呼吸。
(四) 確定病人不能自行呼吸後，即應再把人工呼吸器接回個體身上。

腦死判定之醫師，應符合下列各款之一之資格條件：
一、具神經科、神經外科、小兒神經科專科醫師資格者。
二、具麻醉科、內科、外科、急診醫學科或小兒科專科醫師資格，並曾接受腦死判定之訓練，持有證明文件者。
三歲至十五歲病人之腦死判定，宜由具判定腦死資格之小兒科專科醫師或小兒神經科專科醫師為之。
第一項第二款之腦死判定訓練，其訓練課程，由中央衛生主管機關定之。

腦死判定，應由具判定資格之醫師二人，共同執行；其中一人宜為具豐富經驗之資深醫師。
前項醫師施行腦死判定時，病人之原診治醫師應適度參與，提供病人資訊及瞭解腦死判定結果。

病人之原診治醫師應填寫使用呼吸器昏迷病人腦死判定會診單（格式如附表一）及使用呼吸器昏迷病人腦死判定檢查表（格式如附表二）；施行腦死判定之醫師應共同簽署腦死判定檢視表（格式如附表三），並由病人原診治醫師據以簽發死亡證明書。