本科（生殖內分泌科），是台大醫院婦產部三個次專科之一（另有婦科、產科兩個次專科）。雖然形式上本院之分科是1995年才開始，但早在1951年，本科吳家鑄教授即開設不孕症及內分泌特別門診，針對一些特殊生殖生理、病理的現象（如先天性腎上腺增生、多囊性卵巢症候群、月經異常、慢性不排卵症候群、甚至陰陽人等種種案例），加以觀察與治療，造福許許多多婦女同胞，而後本科李鎡堯教授在不孕症及生殖內分泌之診療，更是國內之權威，因此實際本院早已有分科的雛型。近十年來，由於新的人工生殖科技進展十分迅速，為了因應世界發展之趨勢，及日新月異之科技，因此於1995年成立生殖內分泌之次專科，以培育此方面之專門人才及師資。
訓練目的
當四年婦產部住院醫師及總住院醫師訓練完成後，並取得婦產科專科醫師，得經本科師長遴選具優異潛質者，進入生殖內分泌科接受兩年的次專科的訓練，依此完整的次專科訓練資歷，取得次專科醫師資格，俾能獨立且正確地執行人工協助生殖技術，將來並為本科之學術地位之提高，研究領域之拓展，貢獻心力。
（一） 訓練容量：本科計有九名不孕症及生殖內分泌之次專科醫師，故每年可訓練四名醫師。
（二） 訓練期間：專職連續兩年。
（三） 受訓資格：四年婦產部住院醫師及總住院醫師訓練完成後，取得婦產科專科醫師資格後，始能接受訓練。
訓練內容、方式及時間分配
（一） 教育訓練課程部分：
- 專業知識之訓練：包括生殖內分泌學，舉凡下視丘、腦下垂體-卵巢軸之生殖生理及病理，各種賀爾蒙之正常與異常分泌；不孕症之病因與診療；子宮內膜異位症之診斷與處理；更年期婦女症狀之診斷與處理；性分化異常與生殖器官異常之病人之診斷與處理；子宮肌瘤之診斷與處理；遺傳學及分子生物學的基本知識….等。每星期一至星期五參加本科主治醫師迴診教學，研修醫師可從中吸取許多知識與經驗；每星期五下午1:00~2:00更有一個生殖內分泌科討論會，討論先進的科技新知與臨床實用的知識。
- 論文寫作之訓練：在師長指導之下，選擇研究題目，從事內分泌不孕症之相關之實驗，並從事實驗結果之論文寫作與發表，兩年之內，至少有一篇第一作者之論文，刊登在SCI雜誌上。從中培養並發現自己興趣之所在，繼續深入研究，追向國際水平。
- 語文表達之訓練：要定期參加國際會議，並於訓練結束前，至少有一次將所作的研究成果，於國際性的醫學會議發表，以訓練其外語表達能力及國際會議之臨場經驗。
（二） 臨床訓練課程部分：
- 病人選擇之訓練：每週固定於資深醫師的不孕症門診跟診學習，參與生殖內分泌及不孕症之門診診療工作與病人諮詢服務。瞭解病人如何選擇與追蹤，與治療方式的選擇。
- 誘導排卵訓練：全程參與試管嬰兒病人（每年約400例）之藥物使用、賀爾蒙檢查數據討論、胚胎植入後追蹤，參與每日超音波濾泡檢查與內分泌報告之討論與病人聯絡。如此，可以熟悉排卵的機制與突發狀況，兩年下來，有超過3000次的超音波濾泡檢查，與同次數的賀爾蒙數據對照，對於排卵應頗有心得。
- 人工授精之訓練：從病人之選擇、開始療程、用藥追蹤、反應效果、乃至技術技巧之反覆學習，務必使技術純熟到病人不會感到不舒服，人工授精成功率達一定水準。本科每年人工授精週期約有700~800人次，每位研修醫師至少可有100例以上之經驗。
- 人工生殖技術訓練：每位研修醫師可參與至少取卵超過100週期，腹腔鏡輸卵管胚胎植入100個週期以上，並參與基礎的實驗室工作，如找卵、洗滌精蟲、體外受精、胚胎培養，並研習植入後之賀爾蒙使用，或卵巢過度刺激之處理，與超音波檢查正常懷孕、萎縮卵或子宮外孕等。受訓第一年，這種植入後的超音波檢查，應會累積超過800次以上，故對於懷孕之預後與卵巢過度刺激，都應該滿有經驗的。
- 手術部分：參與腹腔鏡與子宮腔鏡等手術，增加這些與不孕症診斷有關之檢查的熟練度，兩年期間約作腹腔鏡手術150台，子宮腔鏡手術100台左右，並參與輸卵管顯微手術、子宮整型手術等。至於與一般不孕症有關之手術，如子宮肌瘤摘除術、卵巢囊種切除術等，在住院醫師時已充分訓練過，這時是更完整的執行，兩年期間執行至少50例以上。
- 性分化異常、停經、月經異常之處理：這部分是在門診學習，第一年固定在人工協助生殖案例較多的教授門診，第二年就在性分化異常、停經、月經異常例較多的教授門診。這樣一來，第一年學生殖，第二年學內分泌，就有完整的門診經驗。至於停經，這些教授的門診也有許多停經或早發性停經的案例，可以提供充分學習的機會。
- 其他臨床訓練：研修：醫師可在固定時間跟診泌尿科對於男性不孕症之治療（目前是每週二上午），並邀請他們來定期演講。取精手術時，可以跟著學習。對於住院醫師之有關不孕症例行檢查與治療有問題時，研修醫師有義務立即予以排除，並指導他們，學習當指導者的角色。第一年受訓時，必須時常研讀人工生殖法規，與醫學倫理之探討，並負責有關主管機關之規定，撰寫報表。