本院於1978年8 月成立企劃室主管資訊業務，1982 年9 月成立資訊室，企劃室才開始接手東址整建，兼辦「行政院為民服務」計畫。1993 年7 月整建結束，企劃室轉型為具企劃與研考功能之單位，並多次進行業務調整，名稱亦多次異動。2007 年7 月更名為企劃管理室。2000 年起，依功能分成2 組； 2005 年納入資財管理中心，成立第三組； 2006 年為辦理採購稽核及預算執行管考，增設第四組； 2010 年承接兒醫行政業務，增加兒醫業務組，並增設副主任。2012 年8 月升級並更名為企劃管理部設有策略發展組、經營規劃組、 績效財務組、稽核管考組、西址業務組及院區計畫組。院區計畫組業務於112 年3 月併入策略發展組及經營規劃組。