第一任
1938–1940
小田俊郎
臺北帝大時期（1938–1945）
1938 年「臺灣總督府臺北醫院」改名為「臺北帝國大學醫學部附屬醫院」，歷經四位院長任職。
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第二任
1940–1942
上村親一郎
第三任
1942–1944
高橋信吉
第四任
1944–1945
河石久二夫
國立臺灣大學時期（臺灣光復後1945–迄今）
本院光復後歷任院長均於卸任後繪製肖像，多幅畫像出自李梅樹、楊三郎、李石樵等臺灣畫壇名家，兼具藝術與歷史價值，現展示於東址第一會議室。
第一任
1945/12–1947/01
杜聰明
第二任
1947/01–1948/07
陳禮節
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第三任
1948/07–1953/11
魏火曜
第四任
1953/11–1964/08
高天成
第五任
1964/09–1972/07
邱仕榮
第六任
1972/08–1978/07
魏炳炎
第七任
1978/08–1984/04
楊思標
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第八任
1984/05–1992/07
林國信
第九任
1992/08–1998/07
戴東原
第十任
1998/08–2004/07
李源德
第十一任
2004/08–2008/05
林芳郁
第十二任
2008/05–2013/07
陳明豐
第十三任
2013/08–2015/07
黃冠棠
第十四任
2015/08–2019/01
何弘能
代理院長
2019/02–2019/07
陳石池
第十五任
2019/08–2020/07
陳石池
第十六任
2020/08–2025/07
吳明賢
第十七任
2025/08–迄今
余忠仁