本科專門治療胸腔內藏器有手術適應症的疾病。早期一直與心臟血管外科同一病房，在肺臟﹑縱膈腔與食道疾病之手術均有許多貢獻。多年來與台大胸腔內科﹑消化內科﹑病理科，以及省立防癆局密切合作，加上手術治療成績已達先進國家水準，使得胸腔外科的病患逐年增加，1991年東址啟用後，胸腔外科有了專屬病房（8B）；胸腔鏡手術的應用，已嘉惠許多病患；1995年成功完成國內首二例長期存活之肺臟移植，爾後已作了13位病人，成功率達8成以上；1996年胸腔專屬之加護病房成立（4B1），更使胸外重症醫療水準大為提高。
醫療服務項目包括：
一、
- 縱膈腔方面：如縱膈腔腫瘤、重症肌無力、胸腺瘤、手汗症等。
- 胸壁方面：胸壁畸形矯正，如漏斗胸、雞胸，各種胸壁腫瘤手術治療等。
- 良性的肺疾病：如嚴重影響心肺功能，造成不可逆之呼吸衰竭，而無法以藥物控制者，可施行肺臟移植手術以挽救病患之生命。如嚴重之肺氣腫、塵肺病、肺血管病變、肺纖維化、細支氣管病變(藥物毒性如減肥菜引起者)、支氣管擴張等疾病。
- 氣管方面：氣管腫瘤、氣管軟化，及各種原因造成的氣管狹窄。
二、
- 在肺部方面：如肺癌、肺臟各種良性腫瘤、肺部不明診斷之病變、氣胸、久治不癒之膿胸或肋膜腔積水等。
- 肺血管方面：如肺動脈高壓之診斷與治療、慢性肺血管栓塞之手術治療等。
- 食道方面：如食道癌、食道各種良性腫瘤、食道狹窄、功能性食道病變、食道破裂或其他原因的傷害。