小兒外科之設立可源自1963年，先在一般外科設置6至9床供小兒外科病患使用，至1973年開始有小兒外科專屬病房（十西），由於早期其他醫院幾乎沒有小兒外科，台大小兒外科一枝獨秀，許多先天畸形手術之首度成功，均在本院外科完成，如膽道閉鎖以Kasai氏手術成功、總膽管囊腫以全切除法治療等，而以十二指腸液分析同位素法診斷膽道閉鎖、修正Duhamel氏或改良Soave氏巨大結腸症手術方法等，更是國內首創。最為人稱道者，則是1979年忠仁忠義連體嬰分割成功迄今，已有七對連體嬰分割成功，是國內唯一也是世界著名的分割醫院之一。1995 年成立小兒外科專屬加護病房（7A ICU），是國內唯一，也是世界少有的設置，使小兒外科重症醫療水準得以更加提昇。2008年台大兒童醫療大樓啟用，先進的硬體設備及整合性的兒童醫療將為全國的病童提供更優質的醫療服務。
醫療服務項目包括：
- 小兒常見且需手術之疾病：如舌繫帶過緊、多指症、血管瘤、淋巴管瘤、斜頸、漏斗胸、雞胸、臍肉芽腫、臍疝氣、腹股溝疝氣（脫腸）、陰囊水腫、睪丸未降、包皮過長併發炎、尿道下裂等。
- 新生兒手術：如腸道閉鎖及狹窄、腸道旋轉不良併腸道阻塞、胎糞性腹膜炎、無肛症、食道閉鎖及食道氣管廔管、肥厚性幽門狹窄、腹裂畸型及臍膨出、橫隔疝氣等。
- 其他泌尿系統病變：如腎盂輸尿管畸型及阻塞、膀胱輸尿管逆流、膀胱尿道功能障礙等。
- 其他消化系統病變：如膽道閉鎖、總膽管囊腫、巨大結腸症、憩室炎及出血、肛門膿瘍及肛廔等。
- 各類腫瘤：如皮下軟組織腫瘤、肝臟腫瘤、腎臟腫瘤、神經母細胞瘤、畸胎瘤等。
- 嬰幼兒腹部急症：如急性闌尾炎、腸套疊、嵌閉性腹股溝疝氣等。
- 小兒外傷急症處理