大腸直腸外科雖一直隸屬於一般外科，但70年代初期即開始硬式直腸鏡檢，1983年更開始纖維內視鏡作大腸之檢查與切片，大腸診療室則於1988年正式成立，專門照顧人工肛門造口與直腸肛門手術病患，並作為外科醫師內視鏡之訓練場所。至1994年才有大腸直腸外科專用病房（9C）。

醫療服務項目包括：

1. 經直腸超音波檢查（大腸直腸癌診斷與大便失禁評估）。
2. 發炎性腸道病變（克隆氏症、潰瘍性結腸炎）。
3. 直腸問題（痔瘡、廔管、肛裂、膿瘍）。
4. 功能性的疾病（慢性便秘及失禁）。
5. 大腸鏡檢查及息肉切除。
6. 感染或放射線導致的大腸炎。
7. 大腸憩室症。
8. 下消化道出血。
9. 肛門直腸測壓及結腸傳輸研究。