在林天祐教授的推動下，60年代即有專屬病房（一東）。1964年首度在體外循環輔助下完成了台大醫院第一例開心手術，1970年成功了第一例較複雜的法洛氏四重症之矯正，也開啟了小兒心臟外科之前途，其後許多優秀外科人才的投入，使心臟血管外科無論是手術或研究，均發展相當迅速，許多國內第一例成功的開心手術均在本院完成，而開心手術總數於1995年已達一萬例，是國內首先 ”開心一萬” 的醫院；目前已完成二萬多例，1987年成功完成國內首例心臟移植後，目前已完成500多例，成功率高達九成以上。
醫療服務項目包括：
- 先天性心臟病：較為一般大眾熟悉的名詞，如心房中隔缺損、心室中隔缺損、法洛式四合症、大動脈轉位、開放性動脈導管。另有一些較為少見的先天性心臟畸型及複雜性先天性心臟病，單一心室疾病。一般先天性心臟病分為發 紺型及非發紺型先天性心臟病。嘴唇發紫，生長遲緩，瘦小及食慾不佳為一般先天性心臟病最常見的症狀，此外容易感冒，或併發心內膜炎。有些則完全沒有症狀，經健檢才發現。台大醫院為全國先天性心臟病之權威中心，各種複雜矯正手術均能執行。
- 瓣膜性心臟病：包括二尖瓣閉鎖不全、二尖瓣狹窄、主動脈瓣閉鎖不全、主動脈瓣狹窄，及合併不整脈手術等。主要症狀會喘、食慾不振、呼吸困難、心臟衰竭，有時合併肺部積水、腹水。瓣膜疾病又分為 大人(成人)風濕性心臟病引起的瓣膜疾病，及小孩先天性不明原因引起的瓣膜疾病。心臟外科醫師均可為您解決這方面的問題。目前更發展微創手術等新術式以嘉惠病患。
- 周邊血管病外科：國人隨著社會進步，慢性病逐年增加。周邊血管外科問題也隨之升高，如動靜脈廔管(洗腎用)，及周邊動脈阻塞疾病需施行血栓清除繞道手術及氣球擴張或支架置放等新手術方法。下肢血管有問題經常可見走路無法走遠，或腳腫脹、腳刺痛感、尤以糖尿病患下肢有傷口不易癒合。
- 心臟衰竭：此為一般民眾所熟悉的名詞。依其程度上之不同，有些可用藥物療法，有些心臟功能已進入末期心衰竭現象，則需等待心臟移植。本科門診中有一心臟移植門診，乃針對此類病人，定期門診追蹤，待有合適的捐贈者。
- 冠狀動脈疾病（繞道手術）：國人高危險群的好發疾病，例如高血壓、高膽固醇、抽煙等等。主要症狀會胸悶‧喘不過氣，心絞痛或急性心肌梗塞等心臟血管問題。
- 主動脈手術：包括剝離性夾層主動脈瘤、及腹部主動脈瘤。病患常胸痛至急診就醫而被診斷，目前更經導管以血管內支架置放術及更微創的手術進行治療。
- 其他特殊醫療治療方法：因急性或慢性心衰竭而危害到生命時，為延續生命或治療疾病，而給予特殊的治療。如心室輔助器、體外循環維生系統，目前葉克膜使用經驗超過千例，應用在各種嚴重心肺疾病，已成為世界有名的醫學中心。