內視鏡科是一門以光學原理診斷人體內部器官並給予介入性治療的專科。臨床上以各種內視鏡來執行醫療，其中包括了上消化道內視鏡（一般稱做胃鏡）、小腸鏡、大腸鏡、膽胰鏡、支氣管鏡、內視鏡超音波、小兒內視鏡。早在日治時代已開始執行直腸鏡檢查。
- 1956年 可彎屈式胃鏡於臺大醫院正式使用，然而可檢視的胃黏膜範圍有限。
- 1960年 臺大醫院引進胃照相攝影器，當時的照相軟片要自行製作，且機器故障也要自行修理。
- 1963年 引進Hirshowitz氏胃纖維鏡，胃內的可視範圍相當寬廣，但缺點是鏡頭角度方向不同，無法窺視食道及十二指腸。之後隨著新儀器及新技術的不斷更新及改良，食道纖維鏡、大腸纖維鏡、泛上消化道纖維鏡、膽胰鏡等陸續引進；而經內視鏡的治療技術，包括黏膜切片、息肉切除、止血、取石及引流等也日益精進，使得越來越多的疾病可藉由內視鏡的器械來診斷與治療。
- 1987年 本院的內視鏡系統進入電子化時代，此一劃時代的改變讓原本只能由單一操作者檢視的內視鏡，在經由光學影像電子化轉換後，讓更多的醫師能參與觀察，並從中學習。
- 1967年 引進支氣管纖維內視鏡，取代早期的硬式支氣管鏡，使得氣管內的檢查及治療變得相對容易。接著相關的診斷技術，包括經支氣管鏡細胞灌洗檢查、細胞刷取檢查、組織切片取樣術等也相繼發展出來，提供內科、外科、小兒科病人疾病診斷的需求。
- 1993年 臺大醫院將各科的內視鏡整合起來成為內視鏡科，使全院的資源可以統整運用。
- 2008年 內視鏡室也因應服務量的增加進行內部整建，提供病人一個更新穎及舒適的檢查空間。除此之外，內視鏡科也積極舉辦各種地方性、全國性，甚至國際性的研討會，增進醫療同仁吸取相關知識，並促進國內外各種內視鏡技術的交流。
- 2015年 耳鼻喉部加入內視鏡服務團隊，執行食道鏡檢
- 2016年 使用無水酒精進行胰臟腫瘤消融術，為本院適應症首例
- 2017年 內視鏡服務約38000人次。
