病理部由部主任領導。除人體生物資料庫及醫學院病理學科、所外，本部依功能分設:

1.外科病理科(之下設有實驗室:收件室、切片室、免疫組織化學室、外科標本處理室、電子顯微鏡室)

2.大體解剖病理科(之下設有實驗室:解剖室)

3.細胞病理科(之下設有實驗室:細胞室)

4.分子病理科(之下設有實驗室:分子病理室、血液病染色體室)。

另行政的部份含行政辦公室、事務辦公室。