門診調劑服務 (Outpatient Pharmacy Services)
門診調劑組每天約有2萬筆處方服務需要處理。門診調劑藥師提供多元的藥品相關服務，是希望門診病人能正確使用藥物，達到療效且避免副作用的產生。主要負責業務包括門診處方接收與審核、處方調劑與核對、藥品核發、門診病人用藥指導與藥物諮詢服務。約有5%的病人會到諮詢窗口尋求藥品諮詢的服務。未來將重整門診藥局的服務空間，加強藥品諮詢與病人教育的功能，全面使用針對消費者使用方便包裝的藥品(direct to consumer package)，使用電腦化與利用條碼核對處方，以加速藥品交付的速度，提升門診藥事服務的品質。
住院調劑服務 (Inpatient Pharmacy Services)
住院調劑組提供基本之藥品調劑服務，藥師每日會依據病人肝、腎功能或病況變化，提供個別化的臨床藥事服務，藥品劑量調整、藥品選擇、藥品療效監測、藥品不良反應評估與通報、用藥諮詢、病人衛教及藥事相關教育訓練。另有臨床藥師參與部分病房的病房迴診。本組未來將推展更多之服務，包括：採用全自動藥品管理系統(automated medication management system)，提升資訊系統功能，發展處方覆核電子化及與其他醫事人員針對處方內容溝通之電子平台等，以提供住院病人更好的臨床藥事服務。
臨床藥事服務 (Clinical Pharmacy Services)
目前在加護病房、腎臟科及血液腫瘤科等有專職的臨床藥師提供臨床藥事服務。臨床藥師參與予病房的迴診及給予用藥上的建議以確保藥物治療的適當性及安全性。臨床藥師也負責臨床藥學研究所碩士班學生及六年制藥學生的進階臨床藥學實習，同時也負責訓練新進藥師們。除此之外，臨床藥師也參與病歷審查工作小組、加護病房管理委員會及感染控管制委員會運作，以改善這兩個領域的院內相關藥物使用及流程。
急診調劑服務 (Emergency Pharmacy Services)
急診調劑組服務對象包括急診病人，景福門診、透析門診等門診病人，此外我們也協接著住院調劑組、兒醫調劑組的業務，在它們未提供服務的時段服務住院病人。我們的業務包括覆核處方、藥品調劑與核對、交付藥品、並提供用藥指導與藥物諮詢服務等。未來我們希望能夠發展處方覆核電子化及與其他醫事人員針對處方內容溝通之電子平台等，以提升急診藥事服務的品質。
化療調劑服務 (Oncology Pharmacy Services)
化療藥局提供全院腫瘤病人的化療調劑服務，及相關之臨床藥事服務，包括監測化療病人之用藥以及藥品不良反應追蹤、醫護人員藥品諮詢等。2009年首度引進亞洲醫學中心首次採用的全自動化療調配機器手臂 CytoCare®，此機器可減少污染，增加正確度。2010年化療藥局更完成全院所有化療藥品的調製、稀釋、同時完成排氣，插入輸液套之工作，讓直接照顧病人的護理人員可以減少化療污染的危險。我們並持續與醫療部、護理部、資訊室配合更新電腦處方系統，盼望可以完成化療計畫為基礎的電腦處方輸入系統，增加處方內容正確度，減少化療處方與給藥錯誤的機率。
無菌調配靜脈營養服務 (Parenteral Nutrition Services)
無菌調配組提供靜脈營養(PN)輸液的調製與專業的臨床服務，以及其他無菌製劑的調配。我們也例行性進行一系列的品質保證標準操作流程以提昇藥局調製藥品的品質與病人用藥的安全性，這包括每日監測病人臨床變化，覆核、評估TPN處方，測試調配的精準性，及調配環境管控(如溫溼度及壓力監控風速測試、無菌測試、空氣粒子數測試)。未來我們規劃將推展即時可用的上市PN配方，同時升級現行電腦開方資訊系統，期能進而提升醫師開處方和病人照護的品質。
藥品管理組 (Sections of Inventory Control)
藥品管理組負責全院的藥品採購、藥品收付與管控、提供調劑單位藥品、評估與更新藥價、發佈全院藥品異動資訊、管理管制藥品與試驗用藥。我們未來將進用倉儲管理系統(WMS,Warehouse Management System)，就是利用藥品條碼與掃描機控制速藥品進出與管控，讓未來藥品管理更節省人力，效率更高且速度更快。
藥品諮詢服務 (Drug Information Services)
藥品諮詢組負責院內醫療人員與病人的藥品資訊服務，負責臺大藥事通訊的編輯與出版，處方集編輯與出版，準備藥事委員會相關議程與資料，安排藥事專題持續教育課程，提供藥學生藥品諮詢訓練，安排代訓院外藥師，評估待研討處方的業務。未來我們希望能重新規劃與建立藥劑部網站功能，能提供更多便民的藥品資訊服務功能，及更高的服務品質與更好的工作效率。
臺大兒童醫院藥事服務 (NTU Children's Hospital Pharmacy Services)
臺大醫院藥劑部兒童醫院調劑組以提供高品質的兒童藥事照顧服務為首要目標。兒醫調劑組負責兒童醫院門診及住院藥事服務。服務內容包括門診處方的覆核、藥品調劑及交付、用藥諮詢等各項藥事服務。住院病人每日處方審核、藥品調劑、及各項臨床藥事服務，如：療劑監測、藥品動態學諮詢、治療建議、藥品不良反應評估與通報，藥物使用評估與藥物諮詢等。針對特殊醫療單位我們另有臨床藥師參與醫療團隊迴診，藉由直接觀察以期能提供更有力的治療建議，同時確保病人的用藥安全。
病人用藥教育服務 (Patient Education)
本部持續加強推廣各項病人用藥教育服務，包括：口服抗凝血劑、吸入劑、移植病人免疫藥品使用等病人用藥教育資料之製作編印「臺大醫院病人用藥教育彙編」，並印製各種藥品之教育單張提供病人索取。每年不定期舉辦-「領藥停看聽」，教導病人可由本院藥劑部所獲得之資源。
藥品不良反應通報
建立院內完整之藥品不良反應通報系統，執行藥品不良反應預防、監測、處置、及通報，並於「藥事通報」登載國外重要藥品不良反應資訊通告，各種臨床常見之用藥安全事項。 於院外積極推廣藥品不良反應之通報與教育訓練。對於FDA所發布的藥品安全警訊，藥品諮詢組會譯成中文，公佈在本部網頁中，並院內發佈消息周知所有醫療人員注意。此訊息亦提供藥師週刊刊登。收集藥品相關安全訊息，作為院內用藥討論之參考。
藥事委員會
持續建立完善之藥事委員會審查作業，以制定本院醫療用藥標準。 委員會依專門領域，細分為心臟血管、神經精神、抗過敏、鎮痛抗炎、胃腸及靜脈營養、抗微生物、抗腫瘤、內分泌代謝及藥品不良反應等九個小組，藥師參與藥委會案件之審查，並提供審查藥品之相關資料。藥品諮詢組彙整待研討處方，經用藥安全小組初步審議及專家審查後，至藥委會提案討論，以建立本院用藥之標準。
推廣藥學教育及推動藥師繼續教育
積極參與推廣藥學教育，提供學生及藥事人員實習，包括：
- 大學部學生實習
- 臨床藥學研究所學生臨床藥學實習及臨床藥學專科實習
- 醫事師資培育及藥事人員進修訓練
- 社區藥局持續教育實習
- 其他各醫療院所或團體派員至本部實習