企劃管理部是本院的幕僚單位，凡行政創新或策略會先經由企劃管理部評估或推動，提供院方決策參考。

早年為辦理醫院資訊業務，本院於1978年8月成立企劃室，1982年9月資訊室成立，企劃室才開始接手東址整建，兼辦「行政院為民服務」計畫。1993年7月整建結束，企劃室轉型為具企劃與研考功能之單位，並多次進行業務調整，名稱亦多次異動。2007年7月更名為企劃管理室。

2000年起，依功能分成2組；2005年納入資財管理中心，成立第三組；2006年為辦理採購稽核及預算執行管考，增設第四組；2010年承接兒醫行政業務，增加兒醫業務組，並增設副主任。2012年8月升級並更名為企劃管理部，增設第六組。各組分別為策略發展組、經營規劃組、績效財務組、稽核管考組、西址業務組及院區計畫組。

持續協助院方推動院層級之重要專案為企劃管理部之使命，近年來積極規劃的專案包含如：健康大樓新建工程、林森大樓新建工程、仁愛醫護大樓新建工程、紹興南街A及B區大樓新建工程、東址空間整建、西址門診暨牙科綜合大樓、西址病房及東址加護病房等專案之整建規劃及行政空間搬移規劃等，讓醫療空間得以不斷發展；協助新竹生醫園區分院之興建規劃，協助新竹三分院整併為新竹臺大分院的整併計畫，協助癌醫中心醫院改制為分院，將使得臺大醫院醫療體系更加完善；完成西址八九東建物測繪及歷史回顧，八九東微電影拍攝，並開始著手於未來醫療博物館之規劃，為本院歷史留下重要紀錄；並協助推動本院人才培訓福利改善，以留住更多優秀人才。