本室於85年5月1日正式分為三組辦事，設【文書組】、【行政組】及【醫事組】，各設一名組長。業務內容分述如下：

文書組：

　　負責本院總收文、總發文、繕打、校對、監印、檔案管理事項、公文稽催事項，另有關診斷書證明書發放、標單發售及收受、公務文件郵寄、掛號郵件包裹收發及郵資機管理相關業務事項均由本組負責。此外，本院珍貴文物收集典藏展示亦由本組辦理。

行政組：
　　負責院內重要會議之會務工作及司法警察機關、衛生主管機關、公營保險機關等查詢病人病情、醫理見解及委託鑑定案件處理事項，並且負責院長室行政業務、公文處理及其他相關事項。

醫事組：
　　本組扮演著評鑑推動中心角色，協調各單位並統籌規劃評鑑作業，以順利推動。另亦負責相關衛生主管機關至本院之考核作業及交辦事項之推行。