本部目前共設置四個次專科，提供圍術期麻醉照護、減痛分娩、無痛鏡檢、疼痛門診及疼痛控制會診。

（一）一般麻醉科
麻醉可讓病人失憶、催眠、止痛及提供良好開刀狀態，維持病患在泛手術全期間的健康與安全。一般麻醉包含區域麻醉、腰椎麻醉、硬脊膜外麻醉、尾椎麻醉及全身麻醉。本次專科提供一般手術麻醉、移植手術麻醉、開刀房外之麻醉、重症照護、緊急氣道處理及侵入性動靜脈導管和裝置植入。

（二）婦幼麻醉科
本次專科提供婦女以及兒童麻醉之相關業務。婦女方面包含有產婦減痛分娩、剖腹產手術麻醉、婦科手術麻醉及乳房外科手術麻醉。兒童麻醉方面則涵蓋有小兒心臟外科、小兒外科、小兒神經外科、小兒耳鼻喉科、小兒骨科與兒童牙科之麻醉。此外，也對兒童侵入性與非侵入性檢查與處置所需之鎮靜止痛與麻醉提供服務，如心導管室及MRI檢查等。目前新增有特殊需求者牙科處置專區之麻醉業務。

（三）疼痛治療科
本次專科提供麻醉部之疼痛門診、腫瘤醫學部之癌症疼痛與人工血管特別門診、病房困難控制之急慢性疼痛照會、頑固癌痛控制及人工血管置放與處置、脊髓腔內藥物輸注系統建立與給藥幫浦植入及長期照護、影像導引神經阻斷神經調控與微創脊椎手術等疼痛介入性治療、手術後疼痛控制含硬脊膜外與靜脈血管給藥兩種病患自控式止痛方式等服務。

（四）心血管暨胸腔麻醉科 
本次專科致力於提供安全有效且精準的麻醉管理，以因應各類心臟和胸部手術的複雜情境。我們有完善的次專訓練計畫，也是心胸麻醉專科醫師的訓練醫院。
台大心臟血管麻醉的領域包括傳統與微創成人心臟手術、成人與兒童心臟介入性治療、主動脈/大血管手術與血管內治療、周邊血管手術、先天性心臟病手術、術中經食道心臟超音波監測、心胸重症照護、與心臟移植⋯⋯等。
而胸腔手術領域涵蓋傳統與微創成人/兒童胸腔手術、氣道手術、肺臟/氣管移植⋯⋯等。服務層面全面性領先台灣麻醉界。
近年來，我們在微創手術領域取得重要進展，如機械手臂輔助瓣膜手術、胸腔鏡瓣膜手術以及無插管與精準的胸腔鏡手術和呼吸道手術的處理。我們在心胸麻醉領域不斷追求創新，以提高患者照顧的品質，確保手術的成功和患者的安全，致力實現手術後快速康復的目標。
我們秉持著精確醫療的理念，在麻醉過程中緊密與外科醫師及體外循環團隊攜手合作。在手術中我們透過先進的監測設備如即時經食道超音波監測、腦波監測和個體化藥物調整，致力實現手術後快速康復的目標。