1895年甲午戰爭後，清廷將台灣與澎湖諸島割讓給日本。日軍5月從澳底登陸，6月進入台北府城，正式接管本島。6月20日即在大稻埕千秋街借民屋設立台灣醫院，這即是台大醫院的前身。首任院長是濱野昇。1896年，分別在台北、台中、台南三縣設置病院，台灣病院改屬台北縣，改稱台北病院，內科部長是松尾知明，另一位內科醫師是富山割平。1898年6月，殖民地政策中醫療衛生排第一優先，全島官立醫院改由台灣總督府直轄，台北醫院改稱台灣總督府台北醫院，仍由山口秀高任院長。

　　1901年內科分為第一部及第二部，由松尾知明任第一部長，山口弘夫任第二部長。此後任內科第一部長者有大鳥次郎（1904-1906），任內科第二部長者河西健次（1903-1905）、川合百太郎（1905-1906）。1906年將第一部、第二部內科合併，由長野純擔任部長，2個月後由迎俊造接任。1907年內科分為東內科和西內科，東內科部長為迎俊造，西內科長為稻恒長次郎。1920年，依修訂後的分科組織規定，取去「部」字，內科部改稱為第一內科、第二內科，第一內科長為白川玖城，第二內科長為大西賤雄，此後任第一內科長者有雲英元孝、秋山為夫、長谷川龜之助、小田俊郎，第二科長者有白川玖城（兼）、雲英元孝（兼）、河西澄、長谷川龜之助（兼）、小田俊郎（兼）。1935年第一內科、第二內科合併改稱內科，原第一內科為複診病患診察所，原第二內科為初診病患診察所，內科長為小田俊郎。1945年8月15日日本投降，不久，疏遷到大溪的本院臨時醫院逐漸地遷回來，但因人手不足，儀器的搬運完全由醫生和護士親自動手。該年10月台灣光復重回祖國的懷抱，我方由翁廷俊和邱仕榮代表接收台大醫院。11月15日杜聰明教授受命接收台北帝大醫學部及附屬醫院，改名為台灣大學醫學院及第一附屬醫院，並接受赤十字社病院（現中興醫院），改為第二附屬醫院。當時第一內科小田教授及第二內科桂教授繼續被聘留任。光復後第一內科主任由翁廷藩副教授擔任，後來他轉任熱帶醫學研究所，改由翁廷俊副教授擔任第一內科主任。第二內科由林茂副教授負責，第三內科則是鄭培禮副教授（不幸去世後由許強副教授接任）。1949年翁廷俊教授因故辭職由陳萬裕副教授代理主任至三個內科合併為止。三個內科和兩個外科的分設由來已久，乃承襲日本之建制，後來於1950年6月經傅斯年校長指示合併成為1個內科和1個外科。同年8月即實施住院醫師制度。這是排棄日、德講座制度而採用美國醫學院與醫院制度之故。

　　1950年3內科合併當時，蔡錫琴教授在省立新竹醫院服務，應杜聰明院長邀請來台大醫院重整內科。第二次世界大戰前，世界各國內科沒有細分專科，由一位內科教授處理所有內科病人。然內科學範圍很大，1位內科醫師不可能對所有內科病人做精密診療，不可能對整個內科學深入研究，所以在行政上，雖然3個內科合併為1個內科，由1位主任主持，但在教學、研究與診療方面，蔡主任將內科分為各次專科，這是國內醫學次專科之先河，乃空前的創舉。
為了使各次專科能均衡發展，許成仁主任就各次專科的需要與發展潛能，擬定了各次專科之人數比例，其發展情形下文中另有專章敘述。各次專科的主治醫師不但學有專長且醫術精湛，深獲病人信賴，而且熱心教學及研究，為內科建立了良好的研究風氣與學術氣氛，這是台大內科引以為傲的特色。

　　本科在研究及教學上屢有重大成就，回饋社會。例如，宋瑞樓與連文彬分別獲得第2、3屆徐氏基金會獎金；王德宏、王正一當選行政院1981年傑出科技人才獎；謝博生、王榮德與楊泮池先後當選十大傑出青年；宋瑞樓與陳定信則前後榮膺中央研究院院士，此乃學術界最崇高的地位。本科並配合醫院政策，多次派遺醫師組成醫療團赴國外服務，例如，1966年莊哲彥率團赴利比亞；1979年謝炎堯領隊赴沙烏地阿拉伯協助沙國建立醫療保健系統。
此外，病歷記載是一個醫院醫療品質的表徵，從1950年6月起，由陳萬裕擔任病歷委員會召集人10多年，進行有關病歷之重要工作如病歷統一、特殊病歷之規範及病歷審查等，為推進病歷品質付出不少精力。

　　在歷任主任的領導下，台大內科全體同仁勵精圖治、孜孜不倦地辛勤工作，現在各部門包括門診部、病房、特殊檢查及各專科研究室。門診部分包括一般門診、各專科特別門診以及急診（支援），負責門診病人的診療。病房部分依照各專科性質分為7個專科病房，3個共同病房，另有健康檢查病房、加護病房和血液透析室，負責住院病人的診斷與治療。特殊健康部門包括內視鏡、心導管室、超音波室、內分泌及免疫學等特殊診斷檢查，負責疑難病人的病因診斷及病情判斷。各專科研究室則負責學術研究及創新發展，引進新的診斷及治療技術。由於各部門之共同努力，不但提供高品質及高水準的醫療服務，也同時做為醫學生和住院醫師教學及訓練最佳場所。
內科對醫學生的教學一向不遺餘力，成果斐然。我們的教育原則是採取醫學理論與臨床實習並重的方式，儘量讓學生有機會實際參加臨床工作，並採取小組教學的方法，特別著重培養獨立思考及決臨床問題的能力。

　　住院醫師之訓練原本是採金字塔之淘汰制，但為了讓入內科的醫師能得到完整之內科訓練，自許成仁主任時代就改為至少給予三年的一般內科之訓練，至第四年之次專科的訓練才淘汰。自1986年連文彬主任時代，因應次專科訓練逐漸成型，正式將內科住院醫師訓練改成五年，即一般內科三年次專科訓練二年。對於住院醫師的訓練，則強調各種臨床診斷方法及治療方式的純熟運用，期使能掌握病情變化，處理各種臨床問題。一方面也鼓勵其參與主治醫師的研究工作，以培養其從事醫師研究的興趣與能力。此外，良好的醫德、廉潔的操守、犧牲奉獻的精神也是養成內科醫師的訓練重點。

　　過去幾十年來內科在心臟血管病、肺癌、肝炎、消化道疾病、腎炎、高血壓、糖尿病等疾病的研究都有相當傑出的成果，我們希望在現有的基礎上，更進一步擴大研究範圍，提高研究水準，並將特別加強對於現在國內急待克服的疾病（如心臟血管疾病、肝炎、腦血管疾病等）的研究，以具體的成果增進全體國民之建康。