| 獲獎團隊 | 得獎名稱 | 得獎照片 |
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| 罕見疾病照護團隊 | 2022 TCSA台灣企業永續獎-社會共融領袖獎 |
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| 結節硬化症整合門診團隊 | 2022 台灣永續行動獎金獎 |
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| 110年平衡計分卡目標管理績效評核競賽 | 台大醫院 醫療組特優獎 |
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| 109年平衡計分卡目標管理績效評核競賽 | 台大醫院 醫療組入圍獎 |
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| 高速次世代基因診斷團隊 | 2020年第十七屆國家新創獎-臨床新創獎 |
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| 智慧型基因變異篩選診斷系統 | 2020科技部 未來科技展未來科技突破獎 |
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| 新生兒篩檢合約實驗室 | 衛生福利部國民健康署「109-111年新生兒篩檢合約實驗室計畫」評比第一名 | |
| 108年平衡計分卡目標管理績效評核競賽 | 台大醫院 醫療組優等獎 |
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| 小兒高速次世代基因診斷團隊 | 台大醫院107年度服務特殊優異獎團隊獎 |
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| 高速次世代基因診斷輔助系統 | 2018 科技部 未來科技突破獎 |
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| 高速次世代基因診斷輔助系統 |
醫策會「2018年國家醫療品質獎」智慧醫療金獎 國家醫療品質標章 |
 
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| 即刻救援，新生的曙光「龐貝氏症」照護團隊 |
「國家生技醫療品質獎」銀獎 SNQ國家品質標章 |
  
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| 結節硬化症整合門診照護團隊 | SNQ國家品質標章 |
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| 新生兒篩檢合約實驗室 | 衛生福利部國民健康署「106-108年新生兒篩檢合約實驗室計畫」評比第一名 | |
| 新生兒篩檢團隊 | 台大醫院104年度服務特殊優異獎團隊創新服務獎 | |
| 新生兒篩檢合約實驗室 | 衛生福利部國民健康署「103-105年新生兒篩檢合約實驗室計畫」評比第一名 | |
| 罕見疾病營養諮詢 | 衛生福利部國民健康署102-103年申報數全國第一名 | |
| 新生兒篩檢合約實驗室 | 衛生福利部國民健康署「100-102年新生兒篩檢合約實驗室計畫」評比第一名 | |
| 罕見疾病照顧 | 榮獲健康保險局「照顧罕病病患」績優醫院 | |
| 新生兒篩檢合約實驗室 | 衛生福利部國民健康署「97-99年新生兒篩檢合約實驗室計畫」評比第一名 |
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