內科系

• 內科部
  • 抗老及健康諮詢中心
  • 血友病中心
• 小兒部
  • 過敏免疫中心
  • 成人期先天性心臟病中心
• 神經部
  • 巴金森症暨動作障礙中心
• 精神醫學部
• 復健部
• 家庭醫學部
• 腫瘤醫學部
  • 惡性肉瘤卓越中心
• 基因醫學部
• 環境及職業醫學部
• 老年醫學部

外科系

• 外科部
• 骨科部
• 婦產部
• 耳鼻喉部
• 眼科部
• 泌尿部
• 皮膚部
• 牙科部
  • 特殊需求者牙科示範中心
• 麻醉部
• 創傷醫學部

其他科系

• 影像醫學部
• 核子醫學部
• 檢驗醫學部
• 病理部
• 綜合診療部
• 急診醫學部

• 教學部
• 醫學研究部
• 肝炎研究中心
• 智慧醫療中心
• 圖書室

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• 北護分院
• 新竹台大分院
• 雲林分院
• 癌醫中心分院